在这个世界上有一个神秘的镜子反射般的世界,这个世界和正常世界大不相同，所有事物扭曲在一起，有些地方的重力场甚至不同。在那里没有所谓的美丽，是骑拉帝纳栖息之处。可是因为帝牙卢卡与帕路奇犽的战斗，时空开始产生扭曲，反转世界被称为黑色瘴毒的云层给覆盖。看到自己的栖身之所被玷污而震怒的骑拉帝纳，找到了罪魁祸首帝牙卢卡，并打算将其带入反转世界。另一方面，在小智等人跟前出现了样子迷你可爱的宝可梦，那是被称为感谢宝可梦的洁咪。洁咪用心点感应让大家知道自己要表示什么。为了帮助洁咪前往葛拉西蒂亚花花田，以进行被称为“花之传递”的集体迁移，小智一行人和洁咪展开冒险旅程。

“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神奇宝贝们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！